Polska, podpisując 16 kwietnia 2003 r. Traktat Ateński, stanowiący podstawę prawną przystąpienia kraju do UE, zobowiązała się do wyznaczenia na swoim terytorium sieci Natura 2000. Ustawa z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody (Dz. U. z 2013 r., poz. 627, z późn. zm.), czyni Naturę 2000 najmłodszą prawną formą ochrony przyrody w Polsce.
Obecnie w Polsce sieć Natura 2000 zajmuje prawie 1/5 powierzchni lądowej kraju. W jej skład wchodzi: 849 obszarów siedliskowych oraz 145 obszarów ptasich.
- Historia wyznaczania obszarów specjalnej ochrony ptaków.
- Historia przekazywania i zatwierdzania listy obszarów mających znaczenie dla Wspólnoty.
Sieć obszarów Natura 2000 w Leśnym Zakładzie obejmuje:
- SOO „Ostoja Popradzka” PLH 120019 - 57930,98 ha - 11 % pow. to tereny LZD
- Obszar Naturowy „Krynica” PLH 120039 160,80 ha (część SOO Ostoi Popradzkiej) - 4,26 ha na terenie LZD
- OSO „Beskid Niski” PLB 180002 - 151966,61 ha - 612,49 ha w granicach LZD
Mapa sieci Natura 2000 w LZD
Niemal całość terenu LZD Krynica zawiera się w zgłoszonym przez Rząd Polski do Komisji Europejskiej obszarze ochrony siedlisk o nazwie „Ostoja Popradzka” (kolor brzoskwiniowy na mapie).
Obejmuje ona swym zasięgiem pasma Radziejowej i Jaworzyny Krynickiej w Beskidzie Sądeckim a także Góry Czerchowskie wraz z terenami łąkowymi okolic Tylicza, Muszynki i Mochnaczki, stanowiąc ważne refugium karpackiej fauny leśnej z dużymi ssakami i drapieżnymi ptakami. Łącznie odnotowano tu 21 gatunków z załącznika II dyrektywy siedliskowej oraz 13 gatunków ptaków z załącznika I dyrektywy ptasiej.
Dodatkowo teren, na którym znajduje się biurowiec LZD wchodzi w skład zgłoszonego Obszaru Naturowego „Krynica” (kolor ciemnoszary na mapie), który ma za zadanie chronić kolonie nietoperzy: nocka dużego i podkowca małego, zajmujących strych cerkwi greckokatolickiej pw. Św. Piotra i Pawła w Krynicy wraz z ich miejscem żerowania.
Na ok. 612,49 ha leży w granicach LZD OSO "Beskid Niski" (kolor jasnożółty na mapie). Ostoja obejmuje teren Beskidu Niskiego leżącego w części wschodniej Karpat Zachodnich. Jedna z większych górskich ostoi leśnych z dużym udziałem łąk. Dominujące siedliska stanowią buczyna karpacka i bory jodłowe wraz z rozległymi łąkami po byłych wioskach łemkowskich. Obszar ten zamieszkują liczne i o wyjątkowo wysokim zagęszczeniu w skali kraju populacje: orlika krzykliwego, puszczyka uralskiego, dzięcioła białogrzbietego, a na terenach otwartych również pokląskwy i gąsiorka.
W 1995 roku w środkowej części Beskidu Niskiego utworzono Magurski Park Narodowy.