Ochrona gatunkowa w brzmieniu ustawy o ochronie przyrody ma na celu zapewnienie przetrwania i właściwego stanu ochrony dziko występujących roślin, zwierząt i grzybów oraz ich siedlisk, gatunków rzadko występujących, endemicznych, podatnych na zagrożenia i zagrożonych wyginięciem oraz objętych ochroną na podstawie umów międzynarodowych, a także zachowanie różnorodności gatunkowej i genetycznej.

Fauna LZD Krynica i jej przedstawiciele:

• owady: trzmielowate, biegaczowate, biegacz urozmaicony, ciołek matowy, mieniak strużnik, mieniak tęczowy, borodziej próchnik, nadobnuica alpejska, paź królowej, paź żeglarz, rusałka świerzbowiec, rusałka żałobnik, wynurt
  
• płazy: salamandra plamista, traszka górska, traszka grzebieniasta, traszka karpacka, kumak górski, rzekotka drzewna, żaba trawna, ropucha szara, padalec zwyczajny
  
• gady: jaszczurka zwinka, jaszczurka żyworodna, gniewosz plamisty, wąż Eskulapa, zaskroniec zwyczajny, żmija zygzakowata
  
• ptaki: bocian biały, bocian czarny, czapla siwa, krogulec, myszołów, orlik krzykliwy (ostoja), pustułka, orzeł przedni, turkawka, kukułka, Jerzyk, zimorodek, dudek, dzięcioły,
  
• ssaki: gronostaj, jeż wschodni, łasica łaska, niedźwiedź brunatny, nietoperze – kilka gatunków, orzesznica, popielica, ryjówkowate – kilka gatunków, ryś, tchórz, wiewiórka, wilk.
  

Szata roślinna LZD liczy ok. 1000 gatunków roślin kwiatowych rodzimych, ok. 500 gatunków porostów, 260 gatunków mszaków i 400 gatunków grzybów.
Gatunki chronione występujące w LZD:

• drzewa: cis pospolity
• krzewy i krzewinki: wawrzynek wilczełyko, bluszcz pospolity, kruszyna pospolita, kalina koralowa
  
• rośliny zielne: barwinek pospolity, bobrek trójlistkowy, centuria pospolita, ciemiężyca, goryczka krzyżowa, goryczka trojeściowa, konwalia majowa, kopytnik pospolity, liczydło górskie, naparstnica zwyczajna, omieg górski, orlik pospolity, parzydło leśne, pierwiosnek wyniosły, pokrzyk wilcza jagoda, przylaszczka pospolita, przytulia wonna, skrzyp olbrzymi, storczyki – kilka gatunków, śnieżyczka przebiśnieg, tłustosz pospolity, tojad, wełnianka pochwowata, zimowit jesienny
  
• paprocie: paprotka zwyczajna, paprotnik Brauna, podrzeń żebrowiec
  
• widłaki: widłak goździsty, widłak jałowcowaty, widłak wroniec